1940 - 1942

Nachdem die jüdischen Flüchtlinge in das Lager Westerbork zurückgekehrt waren, wurden die Richtlinien verschärft. Das Rein- und Rausgehen war vorbei. Grenzen wurden mit Schildern markiert. Die Disziplin wurde verschärft. Das Justizministerium hat die Leitung des Lagers vom Innenministerium übernommen. Unter der Führung des neuen Kommandanten Jacob Schol wurde die Bewachung ernst genommen. Anstelle einiger Gendarmen überwachte nun ein Trupp von fünfzehn Soldaten das Lager.

Morgens und nachmittags wurde ein Appell abgehalten, die Briefzensur wurde verschärft und das Radfahren verboten.

Andererseits wurde die Bildung ernst genommen. Die Kinder mussten bis zum neunzehnten Lebensjahr die Schule besuchen, später bis zum vierzehnten Lebensjahr. Für alle Arbeiten wurden sogenannte "Dienstgruppen" gebildet und jede Baracke hatte einen eigenen Barackenleiter. Diese Maßnahmen standen im Einklang mit der fortschreitenden Militarisierung des Lagers, das hermetisch von der Außenwelt abgeschottet war. Kommandant Schol legte den Grundstein für eine Lagerorganisation, die von den Deutschen übernommen wurde. Der antideutsche Kommandant Schol hielt eine perfekte Organisation für das beste Mittel, um die Deutschen fernzuhalten. Und obwohl Schol sein Regime verschärfte, handelte er nicht unmenschlich. Das gefiel einigen deutschen Behörden nicht: "Ich habe den Eindruck, dass die Juden hier viel zu menschlich behandelt werden und dass sich die Juden aufgrund der Haltung des Lagerkommandanten hier sehr wohl fühlen. (...) Es wäre vor allem notwendig, den Lagerkommandanten auszuwechseln.“

Als die Nazis Anfang 1942 mit der systematischen Vernichtung der Juden begannen, hatte dies auch Auswirkungen auf das Lager. Es wurde um eine große Anzahl von Baracken und kleineren Gebäuden erweitert. Am 1. Juli wurde das Lager als Polizeiliches Judendurchgangslager bezeichnet. Obwohl Kommandant Schol noch bis Januar 1943 blieb, übernahm der Kommandeur der Sicherheitspolizei (SD) die Aufgabe der niederländischen Lagerleitung.